С 1986 по 2016 год проходил военную службу в Государственном летно-испытательном центре Минобороны России имени В.П. Чкалова, г. Ахтубинск Астраханской области, в 2006-2016 работал заместителем ГЛИЦ по научной части и отвечал за разработку руководств и методик по испытаниям авиационной техники, научно-исследовательских и военно-научных работ, подготовку научных кадров, образовательную деятельность, работы научно-технического и диссертационного советов. Полковник, кандидат технических наук.

С 2016 года Евгений Пушкарский работал советником генерального директора АО «ЛИИ им. М.М. Громова» по научным вопросам, в 2017 году руководил финансово-экономическим блоком института в должности первого заместителя генерального директора.

24 ноября 2017 Евгений Пушкарский назначен генеральным директором АО «Летно-исследовательский институт им. М.М. Громова». Возглавлявший с 2010 года ЛИИ им. Громова Павел Власов, реализовав ряд серьезных программ по развитию инфраструктуры и исследовательского потенциала ЛИИ им. Громова, переходит на пост главы научно-исследовательского испытательного Центра подготовки космонавтов им. Ю.А. Гагарина.