В Цифровом Гербарии МГУ заработала система автоматической геопривязки

Гербарий Московского университета (MW) — коллекция мирового значения, первое упоминание о которой относится еще к 1780 г. Объем фондов превышает 1 млн образцов. Здесь сосредоточены как ценнейшие исторические реликвии, связанные с именами Карла Линнея и Джеймса Кука, так и обширные материалы последующих исследователей флоры. Гербарий постоянно пополняется новыми оцифрованными образцами. За последние пять лет сотрудниками МГУ было открыто 60 видов цветковых растений, причем только восемь из них были найдены в России. Только в 2016 г. было найдено 16 новых видов растений. Образец каждого растения гербаризируется и предоставляется для коллекции в научное учреждение, с которым сотрудничает ученый. После этого изображение каждого открытого растения попадает и в цифровой гербарий. Также возможно получить для изучения материал из зарубежных гербариев.

2017: Система автоматической геопривязки

Система позволит в кратчайшие сроки привязать сотни тысяч оцифрованных гербарных образцов из коллекции Цифрового гербария МГУ к точным географическим координатам. Разработка создана при поддержке Российского научного фонда (РНФ) в рамках проекта «Ноев Ковчег».

Сейчас система ИСТРА работает по двум алгоритмам: по совпадению текстового описания места сбора в этикетке образца с географическим названием и по соответствию даты сбора образца с именем коллектора, собравшего растение. В первом случае, снабдив координатами один из образцов, собранных, например, у Беседки Ветров на Гурзуфской яйле в Крыму ученые получают точные геопривязки для всех растений, попавших в гербарий в этом месте. Во втором случае, результат менее точный – алгоритм привязывает к одной точке все растения, собранные исследователем в тот же день.

2016

Цифровой гербарий Московского университета

В декабре 2016 года корпорация ЭЛАР завершила второй этап оцифровки Гербария им. Д. П. Сырейщикова биологического факультета ^[1]: отсканировано более 230 тысяч гербарных листов.

«С учетом созданных ЭЛАР в прошлом году 502 тысяч высококачественных электронных копий гербарных образцов, к настоящему моменту оцифровано 77% Гербария им. Д. П. Сырейщикова, - рассказал ведущий научный сотрудник кафедры геоботаники, доктор биологических наук Алексей Серегин. – Сейчас наш цифровой гербарий занимает шестое место в мире по количеству представленных образцов. А когда мы полностью наполним базу данных Депозитария биоматериала биоресурсного центра МГУ созданной электронной коллекцией, то станем четвертыми в мире по online-доступу к биобанку».

На первом этапе оцифровки гербария, в 2015 году, специалистами ЭЛАР были отработаны технологические процессы, благодаря чему удалось добиться как высокого качества электронных образов при детализации изображений, так и безопасности для гербарных образцов. Данные технологии были применены и на втором этапе оцифровки. В частности, для сканирования использовался планетарный сканер «ЭЛАР ПланСкан», полностью соответствующий требованиям оцифровки биологического материала. «При сканировании графические образы были поименованы по номерам штрихкодов, которые наклеивались на гербарные листы. Из массива обработанных образов TIFF-формата мы также сделали облегченную пользовательскую версию в формате JPEG с разрешением 300 DPI», - рассказал ведущий эксперт корпорации ЭЛАР по работе с библиотеками и вузами Григорий Евстигнеев.

Благодаря проекту оцифровки Гербария им. Д. П. Сырейщикова ученые и студенты получили возможность детально изучать образцы в удаленном режиме.

Цифровой гербарий Московского университета насчитывает 786 тыс. образцов. Изображения уже доступны для всех желающих на портале Депозитария живых систем МГУ имени М.В. Ломоносова.

Цифровой гербарий МГУ имени М.В. Ломоносова занимает первое место в мире по числу отсканированных образцов среди университетских коллекций и шестое место «в общем зачете», уступая лишь коллекциям крупнейших научных центров мира — Парижа, Лейдена, Пекина, Нью-Йорка и Вашингтона.

Ноев ковчег

Ученые МГУ имени М.В. Ломоносова в рамках проекта «Ноев ковчег» создали цифровой гербарий — коллекцию отсканированных изображений гербарных образцов из фондов биологического факультета.

«Проект `Ноев ковчег` уникален для России, да и для всего мира, — заявил научный координатор проекта, ведущий научный сотрудник Московского университета Петр Каменский. — Основная цель проекта — сохранение, исследование и полезное использование биологического разнообразия нашей планеты. Конечно, этим целям служили и служат многие другие проекты, однако в рамках `Ноева ковчега` мы работаем со всеми возможными типами биологических образцов — от засушенных насекомых до клеток и целых органов человека. Важную часть проекта составляет создание единого биоколлекционного информационного пространства. Иными словами, мы разрабатываем цифровой ресурс, который объединит в себе максимально возможное количество информации о биологических коллекциях. Пока что мы работаем на уровне МГУ, но в будущем собираемся расширяться до всероссийского уровня. Цифровой гербарий Московского университета — это `первая ласточка` нашей информационной системы, которая наглядно демонстрирует все выгоды глобального подхода к анализу биоразнообразия.

«Работы по оцифровке университетского гербария начались весной 2015 года, и за полтора года были отсканированы все многочисленные представители флоры Восточной Европы, Сибири и Дальнего Востока, Крыма, Кавказа, Монголии, стран Африки и Южной Азии, — рассказал Алексей Серегин, один из разработчиков цифрового гербария, доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник Гербария МГУ имени М.В. Ломоносова, руководитель направления «Растения» проекта «Ноев ковчег». — Созданная база данных является крупнейшим в России хранилищем информации о разнообразии и распространении растений. Она предназначена как для профессионалов, так и для любителей, которые хотят больше узнать о флоре. Для того, чтобы воспользоваться цифровым гербарием, достаточно ввести латинское название растения или воспользоваться функцией расширенного поиска. Все изображения представлены в высоком разрешении так, чтобы можно было изучить отдельные фрагменты образца без необходимости отдельно оцифровывать интересующую деталь. Оцифровка была произведена силами научного коллектива МГУ имени М.В. Ломоносова и компании-партнера. Мы также активно привлекали волонтёров из числа студентов нашего университета».