В 1998 году он начал карьеру в компании Асбис в сфере закупок в разных департаментах в Белоруссии, на Кипре и в Чехии.
В период с 2001-2002 г. Рустам работал в США в дистрибуционном бизнесе, а затем присоединился к компании Мерлион в Москве, где отвечал за организацию и развитие направления оперативной памяти и флеш-накопителей.
В январе 2012 года компания SanDisk во время пресс-конференции объявила о назначении Рустама Нестеровича на должность главы представительства SanDisk в России. Основным направлением деятельности Рустама в SanDisk будет стимулирование продвижения продукции в регионы СНГ и Украины.